O jménech genů a vědcích

Příslušníci různých sekt či tajných společností se často pokoušejí o zavedení tajného jazyka. Jedna z takových sekt se svou snahou pokročila daleko – natolik daleko, že si už ani její příslušníci v podstatě nerozumějí. Jde o molekulární biology a jejich tajnou řečí je podivuhodný kód sloužící k pojmenování genů.

Molekulární biologové, kteří studují obyčejnou octomilku, jsou vyhlášení výběrem extravagantních jmen pro objevené geny – zřejmě si tím kompenzují komplexy z toho, že věnují celý život prohlížení mrňavé mouchy. A tak mají octomilky geny Cleopatra, Tudor, Ken and Barbie, koitus interruptus nebo agnostic. Samozřejmě všechny názvy jsou perfektně logické. Například octomilka s mutací v genu Tudor je sterilní – a jak známo, královský rod Tudorovců zmizel z historie, protože se nerozmnožoval. Mutant Ken and Barbie zase zcela postrádá vnější genitálie – tak jako stejnojmenné nebohé panenky.

Vědci, kteří si vybrali za objekt svých studií myš, jsou naopak přísně jednoznační. Geny pojmenovávají zásadně podle jejich funkcí, a nikoliv podle fantaskních podobností mutantů s pohádkovými či reálnými postavami a událostmi. Takže zatímco octomilky mají gen armadillo (mutantní embrya vypadají přesně jako pásovci, což je český překlad tohoto slova), myšaři nevidí nejmenší důvod, proč by se tak měl jmenovat gen, který přece kóduje β-katenin. A ani jedna skupina se svého práva na své jméno samozřejmě nevzdá.

Situace, kdy má jeden gen stejné funkce v různých organizmech odlišné jméno, není neobvyklá. Rekordmanem v této kategorii je gen SELL (kódující protein selektin), pro nějž existuje 15 alternativních označení.

Často se ale setkáme i s opakem. Fantazie vědců není nekonečná (což mnozí z nich neradi slyší), a tak se běžně stává, že zcela odlišné geny z úplně odlišných organizmů dostanou stejné jméno. Naprostým vítězem v této kategorii je na první pohled neškodné MT1, které k dnešním dni označuje 11 odlišných genů.

Příčina třetí kategorie zmateností ve jménech genů je zatím neznámá, podle mého názoru však způsobuje chaos největší. Jde o situaci, kdy se příbuzné geny z různých organizmů jmenují podobně, dokonce velmi podobně, ale nikoliv stejně. Krásným příkladem je situace, kde se lidská varianta kvasinkového genu PMS1 jmenuje PMS2, zatímco (zřejmě aby se to nepletlo) lidský PMS1 odpovídá kvasinkovému genu jakému? Ano, uhádli jste, je to PMS2!

Chaos kolem jmen začíná způsobovat tím víc problémů, čím více nových genů objevujeme. Často z různých stran slyšíme, jak podobné, či dokonce shodné jsou genetické informace různých organizmů, jak to má ale člověk poznat, když se i velice příbuzné geny jmenují jinak? Navíc se žádná skupina vědců nechce vzdát svého práva pojmenovávat si geny po svém, což se koneckonců dá chápat – pro některé je to možná jedna z mála radostí trudného a komplikovaného klonování nových genů. Proto se skupina vědců z Evropského bioinformatického ústavu (EBI, pozor neplést s FBI) rozhodla jít na věc od lesa a místo složitého přejmenování všech genů začali už pojmenované geny třídit do přesně definových skupin. Celá tahle legrace se jmenuje Gene Ontology (GO, www.geneontology.org), a umožní vám najít geny nikoliv podle jmen, ale podle funkcí definovaných na různých úrovních hierarchie (vlastnosti genu) – od skupiny „geny potřebné k buněčnému dělení“ (asi 138 425 různých genů) po „geny potřebné pro vyhledávání homologie při homologní rekombinaci“ (podle typu organizmu 3–5).

A tak si i nadále mohou vědci pojmenovávat geny, jak chtějí. Takže geny potřebné ke vzniku červených krvinek v akvarijní rybce zebřičce (Danio rerio) se budou jmenovat cabernet, chianti a merlot podle toho, jakou barvu krve má výsledný mutant. Transpozon, který většinu času nic v genomu nedělá, a pak se zničehonic vzbudí a začne se rozšiřovat genomem, se i nadále smí jmenovat Šípková Růženka (Sleaping beauty). A proč se gen hip-hop jmenuje zrovna takhle, to už si za domácí úkol najděte sami.

Poznámka autorky: Všechna uvedená jména genů jsou skutečná.