Aktuální číslo:

2021/11

Téma měsíce:

Velká data

Databáze starodávné mtDNA

 |  6. 5. 2019
 |  Vesmír 98, 267, 2019/5

V po sledních letech rychle přibývá počet přečtených mitochondriálních genomů z archeologických nálezů. Mitochondriální DNA (mtDNA) se dědí pouze po matce a díky relativně malé velikosti a velkém počtu kopií v každé buňce je šance na její získání ze starých kostí vyšší než u jaderného genomu. Geografická variabilita mitochondriálních linií je dobře popsána. Z těchto důvodů se jedná o užitečný nástroj populační genetiky, který umožňuje studovat vývoj a šíření dávných lidských populací.

Vědci z oddělení genomiky a bioinformatiky Ústavu molekulární genetiky AV ČR nedávno spustili AmtDB – první databázi starých lidských mitochondriálních genomů. Je volně přístupná na adrese http://amtdb.org. V okamžiku spuštění obsahovala 1107 vzorků, bude se však postupně rozšiřovat. Ke stažení jsou kompletní sekvence mtDNA opatřené informacemi o stáří, lokalitě, zařazení k odpovídající kultuře, odkazy na související publikace atd. Nejmladší vzorky pocházejí z prvního tisíciletí našeho letopočtu, nejstarší z doby před 40 000 lety, většina však spadá do neolitu a doby bronzové. Převládá Evropa, nechybí však ani vzorky z Blízkého východu a střední Asie (včetně známé „ženy X“ patřící k denisovanům). Součástí databáze je i interaktivní mapa lokalit, z nichž vzorky pocházejí.

Ehler E. et al., Nucleic Acids Res., DOI: 10.1093/nar/gky843

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Molekulární biologie, Genetika
RUBRIKA: Zákulisí

O autorovi

Ondřej Vrtiška

Mgr. Ondřej Vrtiška (*1976) je původním vzděláním biolog se specializací na hydrobiologii (PřF UK), utekl z oborů žurnalistika a kulturní antropologie (obojí FSV UK). Od r. 2001 pracuje jako vědecký novinář, na téma „věda v médiích“ přednáší pro vědce i pro laickou veřejnost. Z úžasu nevycházející pozorovatel memetické vichřice. Občas napíná plachty, občas staví větrolam.
Vrtiška Ondřej

Doporučujeme

(Ne)chemické toulky chemickým prostorem

(Ne)chemické toulky chemickým prostorem uzamčeno

Ivan Čmelo, Daniel Svozil  |  1. 11. 2021
Zkusme si představit všechny chemické látky, které by bylo možno připravit, od vodíku až po makromolekuly včetně nukleových kyselin a bílkovin....
Život spjatý s krví: od nemocí k adaptacím

Život spjatý s krví: od nemocí k adaptacím

Ondřej Vrtiška  |  1. 11. 2021
Život hematologa Josefa Prchala se mohl vyvíjet jinak, kdyby… Kdyby se v šedesátých letech daly v Praze snadno sehnat látky potřebné pro výzkum....
Skleníkové peklo na Venuši a šance na život

Skleníkové peklo na Venuši a šance na život

Julie Nováková, Martin Ferus  |  1. 11. 2021
Byla Venuše už od svého zrození horkým peklem? Co když ještě donedávna překypovala životem a z modrého, Zemi podobného drahokamu ji ve žhnoucí pec...

Předplatným pomůžete zajistit budoucnost Vesmíru

Tištěná i elektronická
verze časopisu
Digitální archiv
od roku 1994
Speciální nabídka
pro školy a studenty

 

Objednat předplatné