Temná hmota mikrobiálního světa

Bakterie a archea náleží mezi nepočetnější nejdiverzifikovanější organismy obývající planetu Zemi. Jejich výskyt není prakticky omezen ani geograficky, ani ekologicky. Daří se jim v nejhlubších místech oceánů i v nejvyšších horských masivech. Zároveň je neohrožují ani chladné polární pustiny, ani vroucí prameny Yellowstonu.

Temná hmota je často skloňovaný fyzikální fenomén. Nikdo ji sice nikdy neviděl (je temná), ale všichni věří, že existuje. Co je ale temná hmota v pojetí mikrobiologů? Pro začátek je důležité si uvědomit, že ačkoliv jsou mikroorganismy všudypřítomné a jejich počet daleko přesahuje množství ostatních skupin organismů dohromady, není vždy jednoduché mikroby zkoumat klasickými metodami. Pro zjištění například fyziologických vlastností jakéhokoli druhu nestačí pouze jedna buňka. Proto se bakterie i archea kultivují na živných médiích, která co nejvěrněji simulují přírodní podmínky. Zní to jednoduše, ale v praxi jsme dnes schopni kultivovat v laboratorních podmínkách pouze 10 % (méně optimistické odhady tvrdí, že jen 1 %) celé mikrobiální druhové diverzity, která pravděpodobně dosahuje až někam k miliardě druhů. A zbytek je právě ta zmíněná „temná hmota“. Nabízí se tedy otázka, jak tuto temnou hmotu zkoumat.