Srovnávací genomika

Projekt sekvencování lidského genomu i genomů jiných druhů s sebou přináší problém, kdo se postará o to, aby obrovské množství získaného materiálu bylo interpretováno. Proto bude třeba založit „srovnávací genomiku“. (Vzpomeňme si, jak velký význam měla srovnávací biologie pro morfologii, fyziologii, vývojovou biologii a další obory.) Kdo bude dalším kandidátem sekvencování? Dosud se vybíralo podle toho, jak je druh příbuzný s člověkem, jestli je využitelný jako model pro výzkum a jak velký je jeho genom. Tak byli vybráni potkan, myš, dánio a čtverzubec. Projekty jsou však nákladné a návrhů je více. Primatologové usilují, aby byl sekvencován genom šimpanze, což by možná pomohlo objasnit, čím vším se lišíme od ostatních primátů. Dalším navrhovaným projektem je genom makaka, zvířete používaného v biomedicínském výzkumu.

Chceme-li odpovědně navrhnout další druhy, měli bychom dobře znát fylogenezi savců. Poslední výzkumy rozdělují 18 řádů soudobých placentálních savců do čtyř základních linií. Druhy, které dosud byly sekvencovány (člověk, myš, potkan), patří všechny do téže linie, a proto by bylo na čase poznat také zástupce linií ostatních. Navíc myš i potkan vykazují vysokou rychlost substitucí a jejich genom je značně odvozený; na řadu by proto měl přijít některý druh s původnější organizací genomu (z linií Xenarthra a Afrotheria či z vejcorodých a vačnatců).

Z domestikovaných zvířat jsou k sekvencování navrhováni prase, kočka a pes (kočka má velmi konzervovaný genom, zatímco pes odvozený). Tato zvířata patří do sesterské skupiny linie vedoucí k člověku a mohou být použita pro mimoskupinové srovnání ve fylogenetice.

Dalším zajímavým námětem by bylo srovnání taxonů s původní morfologií (např. některých hmyzožravců) a druhů s odvozenou morfologií (letounů či třeba kytovců). Totéž platí pro primitivní a odvozené uspořádání genomu.

Analýza velmi malých genomů (např. netopýrů) může přispět k osvětlení problematiky nekódujících oblastí u člověka i jiných druhů stejně tak jako výzkum cDNA. Zajímavé bude i porovnaní linií s malou a velkou druhovou diverzitou. (Science 292, 2264-2266, 2001)