Grada2024Grada2024Grada2024Grada2024Grada2024Grada2024

Aktuální číslo:

2024/7

Téma měsíce:

Čich

Obálka čísla

Alpha Fold se vrací

 |  3. 6. 2024
 |  Vesmír 103, 326, 2024/6

Společnosti DeepMind a Isomorphic Labs přišly 8. května s novým modelem umělé inteligence pro predikci struktur proteinů AlphaFold 3 (AF3). [1] Předchozí verze přinesly do strukturní biologie revoluci používání strojového učení, kdy využily padesátiletého shromažďování statisíců proteinových struktur k úspěšným predikcím (Vesmír 101, 516, 2022/9). Ty byly už v roce 2021 srovnatelně dobré s experimentálními strukturami. AlphaFold 2 nám díky otevření kódu a dostupnosti databáze AlphaFoldDB umožnil mít na dosah klávesnice strukturu pro skoro každý známý protein. Ale v modelech chyběly interakce s dalšími proteiny, peptidy, nukleovými kyselinami, či změny struktury vynucené modifikacemi – např. fosforylací.

AF3 tyto interakce modeluje přidáním difuzního modulu pro předpovědi struktur ze zašuměných koordinát, podobně jako to dělají známé generátory obrázků DALL∙E či MidJourney.

Ale zatímco dříve byl kód otevřený a vypočítat si strukturu bylo možné i na lokálních zdrojích českých výpočetních infrastruktur (Metacentrum či ELIXIR CZ), AF3 přichází jen jako omezený veřejný alphafoldserver.com, na němž je omezena kapacita na dvacet výpočtů denně. Navíc jsou nekomerčně dostupné jen některé ligandy a platí i další omezení pro maximální velikost struktury či odfiltrování některých virových sekvencí, které AlphaFoldServer odmítne spočítat. Predikované modely se také nesmí podle licenčních omezení používat pro screening látek. Predikce nukleových kyselin je také poměrně omezená, a na svůj predikční grál tak tato oblast stále čeká. Ale i tak AF3 vykazuje lepší predikce vazby peptidů, což je důležité pro návrhy protilátek, nebo ukazuje interakce s membránou pomocí mastných kyselin. Tyto první pokusy dávají nahlédnout do možností plné verze, kterou Isomorphic Labs nabízí svým partnerům. Společnost už ohlásila spolupráce s farmaceutickými firmami Eli Lilly a Novartisem za cca 80 milionů dolarů.

Nyní vidíte 88 % článku. Co dál:

Jsem předplatitel, mám plný přístup
Jsem návštěvník
Chci si přečíst celé číslo
Předplatným pomůžete zajistit budoucnost Vesmíru. Více o předplatném
OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Umělá inteligence, Molekulární biologie
RUBRIKA: Zákulisí

O autorovi

Karel Berka

 

Doporučujeme

Algoritmy pro zdraví

Algoritmy pro zdraví

Ondřej Vrtiška  |  8. 7. 2024
Umělá inteligence proniká do medicíny a v následujících letech ji nejspíš významně promění. Regina Barzilay z MIT má pro vývoj nástrojů...
Mají savci feromony?

Mají savci feromony?

Pavel Stopka  |  8. 7. 2024
Chemická komunikace je způsob předávání a rozpoznávání látek, jímž živočichové získávají informace o jiných jedincích, o jejich pohlaví a věku, o...
Jak funguje moderní speleologie

Jak funguje moderní speleologie uzamčeno

Michal Filippi, Jan Sirotek  |  8. 7. 2024
Přesně před 150 lety byla na prodej Mamutí jeskyně. Systém, který do té doby sloužil jako místo pro těžbu ledku z guana, byl k mání za pouhých...