Aktuální číslo:

2025/3

Téma měsíce:

Humor

Obálka čísla

Od genomu k funkci

 |  5. 10. 2001
 |  Vesmír 80, 597, 2001/10

Výkladem funkcí kódujících sekvencí se zabývá (mimo jiné) bioinformatika. Potřebuje k tomu velké a integrované databáze, které obsahují informace o proteinových sekvencích a strukturách, jejich funkcích, vzájemných vztazích a interakcích.

Prvním krokem při analýze nové proteinové sekvence je hledání podobnosti s již známými sekvencemi v databázi (GenBank). Používaný PSI-BLAST však dokáže identifikovat jen asi dvě třetiny homologií. K hledání příbuzných sekvencí se také používají knihovny rodin proteinových domén (např. Pfam, SMART a COGS). Ze shromážděných sekvenčních dat vychází najevo, že počet proteinových domén získaných od předků je omezený. Během evoluce totiž docházelo k jejich duplikacím, změnám a novým kombinacím, až vznikla dnešní diverzita.

Existuje mnoho konzervativních funkčních míst, která vykazují specifické sekvenční motivy, a proto mohou být využity pro vyhledávání. Poměrně vzdálené homologie mohou odhalit knihovny motivů (např. InterPro). Jestliže ani pak není nalezena podobnost, dají se ještě hledat v databázi domén podobnosti ve skládání proteinového řetězce. Při hledání může pomoci i poloha jednotlivých genů v genomu.

Dalším krokem je odvození struktury ze získané sekvence, což je možné dělat buď přímo, nebo na základě zjištěné podobnosti s proteiny, jejichž strukturu známe. Nejobtížnějším krokem je odvození funkce ze získaných sekvenčních a strukturních dat. Tento úkol má bioinformatika před sebou. (Science 292, 2095, 2001)

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Genetika
RUBRIKA: Aktuality

O autorovi

Pavel Hulva

Doc. RNDr. Pavel Hulva, Ph.D., (*1975) vystudoval molekulární biologii (Mgr.) a zoologii (Ph.D.) na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Na katedře zoologie PřF UK a katedře biologie a ekologie PřF Ostravské univerzity se zabývá zejména evoluční genetikou, biogeografií a ochranou savců.
Hulva Pavel

Doporučujeme

Kdo byl Kosmas? A proč napsal první český bestseller?

Kdo byl Kosmas? A proč napsal první český bestseller? uzamčeno

Irena Jirků  |  3. 3. 2025
K výzkumu Kosmovy kroniky se po letech vrátil, protože – jak říká – dosud nenašel uspokojivou odpověď na základní otázku: Proč vůbec vznikla?...
Mají zvířata smysl pro legraci?

Mají zvířata smysl pro legraci?

Jaroslav Petr  |  3. 3. 2025
Umí se zvířata smát nebo aspoň usmívat? Mají smysl pro to, čemu my lidé říkáme humor? Pokud ano, jak se jejich schopnosti projevují a k čemu jsou...
Selský rozum u kulatého stolu

Selský rozum u kulatého stolu uzamčeno

Selský rozum rezonuje napříč společností jako jakýsi archetyp racionálního myšlení. Není to ale pouze rétorická figura, která se používá pro svůj...