Aktuální číslo:

2020/7

Téma měsíce:

Klimatické změny

Od genomu k funkci

 |  5. 10. 2001
 |  Vesmír 80, 597, 2001/10

Výkladem funkcí kódujících sekvencí se zabývá (mimo jiné) bioinformatika. Potřebuje k tomu velké a integrované databáze, které obsahují informace o proteinových sekvencích a strukturách, jejich funkcích, vzájemných vztazích a interakcích.

Prvním krokem při analýze nové proteinové sekvence je hledání podobnosti s již známými sekvencemi v databázi (GenBank). Používaný PSI-BLAST však dokáže identifikovat jen asi dvě třetiny homologií. K hledání příbuzných sekvencí se také používají knihovny rodin proteinových domén (např. Pfam, SMART a COGS). Ze shromážděných sekvenčních dat vychází najevo, že počet proteinových domén získaných od předků je omezený. Během evoluce totiž docházelo k jejich duplikacím, změnám a novým kombinacím, až vznikla dnešní diverzita.

Existuje mnoho konzervativních funkčních míst, která vykazují specifické sekvenční motivy, a proto mohou být využity pro vyhledávání. Poměrně vzdálené homologie mohou odhalit knihovny motivů (např. InterPro). Jestliže ani pak není nalezena podobnost, dají se ještě hledat v databázi domén podobnosti ve skládání proteinového řetězce. Při hledání může pomoci i poloha jednotlivých genů v genomu.

Dalším krokem je odvození struktury ze získané sekvence, což je možné dělat buď přímo, nebo na základě zjištěné podobnosti s proteiny, jejichž strukturu známe. Nejobtížnějším krokem je odvození funkce ze získaných sekvenčních a strukturních dat. Tento úkol má bioinformatika před sebou. (Science 292, 2095, 2001)

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Genetika
RUBRIKA: Aktuality

O autorovi

Pavel Hulva

Doc. RNDr. Pavel Hulva, Ph.D., (*1975) vystudoval molekulární biologii (Mgr.) a zoologii (Ph.D.) na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Na katedře zoologie PřF UK a katedře biologie a ekologie PřF Ostravské univerzity se zabývá zejména evoluční genetikou, biogeografií a ochranou savců.
Hulva Pavel

Doporučujeme

O mariánském sloupu, který se nevrátil na Staroměstské náměstí

O mariánském sloupu, který se nevrátil na Staroměstské náměstí

Eliška Fulínová  |  18. 7. 2020
Instalace neúplné kopie mariánského sloupu na pražské Staroměstské náměstí přišla ironií osudu ve zjitřené době, kdy se na různých místech po...
Na staré zkušenosti nezapomínejme

Na staré zkušenosti nezapomínejme

Eva Bobůrková  |  13. 7. 2020
Vladimír Vonka je uznávaný virolog v Česku i ve světě. Ač brzy oslaví devadesáté narozeniny, stále se věnuje vědě, konkrétně vývoji...
Komu se nelení…

Komu se nelení…

Petr Pokorný  |  13. 7. 2020
Jsou-li nějaké změny příliš pomalé, lidé je v subjektivním čase svých životů skoro nevnímají. Stačí se ale podívat na staré krajinomalby či...

Předplatným pomůžete zajistit budoucnost Vesmíru

Tištěná i elektronická
verze časopisu
Digitální archiv
od roku 1994
Speciální nabídka
pro školy a studenty

 

Objednat předplatné