Aktuální číslo:

2020/1

Téma měsíce:

Závislost

Od genomu k funkci

 |  5. 10. 2001
 |  Vesmír 80, 597, 2001/10

Výkladem funkcí kódujících sekvencí se zabývá (mimo jiné) bioinformatika. Potřebuje k tomu velké a integrované databáze, které obsahují informace o proteinových sekvencích a strukturách, jejich funkcích, vzájemných vztazích a interakcích.

Prvním krokem při analýze nové proteinové sekvence je hledání podobnosti s již známými sekvencemi v databázi (GenBank). Používaný PSI-BLAST však dokáže identifikovat jen asi dvě třetiny homologií. K hledání příbuzných sekvencí se také používají knihovny rodin proteinových domén (např. Pfam, SMART a COGS). Ze shromážděných sekvenčních dat vychází najevo, že počet proteinových domén získaných od předků je omezený. Během evoluce totiž docházelo k jejich duplikacím, změnám a novým kombinacím, až vznikla dnešní diverzita.

Existuje mnoho konzervativních funkčních míst, která vykazují specifické sekvenční motivy, a proto mohou být využity pro vyhledávání. Poměrně vzdálené homologie mohou odhalit knihovny motivů (např. InterPro). Jestliže ani pak není nalezena podobnost, dají se ještě hledat v databázi domén podobnosti ve skládání proteinového řetězce. Při hledání může pomoci i poloha jednotlivých genů v genomu.

Dalším krokem je odvození struktury ze získané sekvence, což je možné dělat buď přímo, nebo na základě zjištěné podobnosti s proteiny, jejichž strukturu známe. Nejobtížnějším krokem je odvození funkce ze získaných sekvenčních a strukturních dat. Tento úkol má bioinformatika před sebou. (Science 292, 2095, 2001)

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Genetika
RUBRIKA: Aktuality

O autorovi

Pavel Hulva

Doc. RNDr. Pavel Hulva, Ph.D., (*1975) vystudoval molekulární biologii (Mgr.) a zoologii (Ph.D.) na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Na katedře zoologie PřF UK a katedře biologie a ekologie PřF Ostravské univerzity se zabývá zejména evoluční genetikou, biogeografií a ochranou savců.
Hulva Pavel

Doporučujeme

Léčba psychedeliky

Léčba psychedeliky

Zuzana Postránecká  |  6. 1. 2020
Přírodní psychedelika provázejí lidskou společnost po tisíciletí, ale západní společnost se jimi začala podrobněji zabývat teprve ve 20. století....
Chobotnice z Londýna

Chobotnice z Londýna

Petr Jan Juračka  |  6. 1. 2020
O poslední spolupráci s profesorem Vladimírem Kořínkem, novém druhu perloočky, dobrodružné cestě do londýnského muzea a chobotničce...
Smysl a etika archeologie ve 21. století

Smysl a etika archeologie ve 21. století

Martin Gojda  |  6. 1. 2020
Jedinečnost a neopakovatelnost toho, co se událo v historii, co potkávalo generace našich předchůdců, jak jednotlivci a lidská společenství...

Předplatným pomůžete zajistit budoucnost Vesmíru

Tištěná i elektronická
verze časopisu
Digitální archiv
od roku 1994
Speciální nabídka
pro školy a studenty

 

Objednat předplatné