Aktuální číslo:

2021/9

Téma měsíce:

Vzdělávání

Od genomu k funkci

 |  5. 10. 2001
 |  Vesmír 80, 597, 2001/10

Výkladem funkcí kódujících sekvencí se zabývá (mimo jiné) bioinformatika. Potřebuje k tomu velké a integrované databáze, které obsahují informace o proteinových sekvencích a strukturách, jejich funkcích, vzájemných vztazích a interakcích.

Prvním krokem při analýze nové proteinové sekvence je hledání podobnosti s již známými sekvencemi v databázi (GenBank). Používaný PSI-BLAST však dokáže identifikovat jen asi dvě třetiny homologií. K hledání příbuzných sekvencí se také používají knihovny rodin proteinových domén (např. Pfam, SMART a COGS). Ze shromážděných sekvenčních dat vychází najevo, že počet proteinových domén získaných od předků je omezený. Během evoluce totiž docházelo k jejich duplikacím, změnám a novým kombinacím, až vznikla dnešní diverzita.

Existuje mnoho konzervativních funkčních míst, která vykazují specifické sekvenční motivy, a proto mohou být využity pro vyhledávání. Poměrně vzdálené homologie mohou odhalit knihovny motivů (např. InterPro). Jestliže ani pak není nalezena podobnost, dají se ještě hledat v databázi domén podobnosti ve skládání proteinového řetězce. Při hledání může pomoci i poloha jednotlivých genů v genomu.

Dalším krokem je odvození struktury ze získané sekvence, což je možné dělat buď přímo, nebo na základě zjištěné podobnosti s proteiny, jejichž strukturu známe. Nejobtížnějším krokem je odvození funkce ze získaných sekvenčních a strukturních dat. Tento úkol má bioinformatika před sebou. (Science 292, 2095, 2001)

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Genetika
RUBRIKA: Aktuality

O autorovi

Pavel Hulva

Doc. RNDr. Pavel Hulva, Ph.D., (*1975) vystudoval molekulární biologii (Mgr.) a zoologii (Ph.D.) na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Na katedře zoologie PřF UK a katedře biologie a ekologie PřF Ostravské univerzity se zabývá zejména evoluční genetikou, biogeografií a ochranou savců.
Hulva Pavel

Doporučujeme

Záhada zhasínající hvězdy vyřešena

Záhada zhasínající hvězdy vyřešena

Záhada velkého pohasnutí Betelgeuze (Vesmír 100, 106, 2021/2) se zdá být více méně rozřešena. Důležitým klíčem byla pozorování povrchu hvězdy...
Převrácená výuka a nová role učitele

Převrácená výuka a nová role učitele

Zdeněk Hurák  |  6. 9. 2021
Co je a co určitě není převrácená výuka? Jaké jsou její cíle? Pokusím se vyvrátit několik oblíbených mýtů a nabídnu vlastní učitelské zkušenosti...
O myších (v podzemí) a lidech

O myších (v podzemí) a lidech uzamčeno

Radim Šumbera  |  6. 9. 2021
Čtenář dobrodružné literatury ví, že pro člověka a jeho žaludek byla důležitá velká zvířata, zejména savci. Vzpomeňme na lovce mamutů, indiány a...

Předplatným pomůžete zajistit budoucnost Vesmíru

Tištěná i elektronická
verze časopisu
Digitální archiv
od roku 1994
Speciální nabídka
pro školy a studenty

 

Objednat předplatné