Aktuální číslo:

2019/6

Téma měsíce:

Výboj

Od genomu k funkci

 |  5. 10. 2001
 |  Vesmír 80, 597, 2001/10

Výkladem funkcí kódujících sekvencí se zabývá (mimo jiné) bioinformatika. Potřebuje k tomu velké a integrované databáze, které obsahují informace o proteinových sekvencích a strukturách, jejich funkcích, vzájemných vztazích a interakcích.

Prvním krokem při analýze nové proteinové sekvence je hledání podobnosti s již známými sekvencemi v databázi (GenBank). Používaný PSI-BLAST však dokáže identifikovat jen asi dvě třetiny homologií. K hledání příbuzných sekvencí se také používají knihovny rodin proteinových domén (např. Pfam, SMART a COGS). Ze shromážděných sekvenčních dat vychází najevo, že počet proteinových domén získaných od předků je omezený. Během evoluce totiž docházelo k jejich duplikacím, změnám a novým kombinacím, až vznikla dnešní diverzita.

Existuje mnoho konzervativních funkčních míst, která vykazují specifické sekvenční motivy, a proto mohou být využity pro vyhledávání. Poměrně vzdálené homologie mohou odhalit knihovny motivů (např. InterPro). Jestliže ani pak není nalezena podobnost, dají se ještě hledat v databázi domén podobnosti ve skládání proteinového řetězce. Při hledání může pomoci i poloha jednotlivých genů v genomu.

Dalším krokem je odvození struktury ze získané sekvence, což je možné dělat buď přímo, nebo na základě zjištěné podobnosti s proteiny, jejichž strukturu známe. Nejobtížnějším krokem je odvození funkce ze získaných sekvenčních a strukturních dat. Tento úkol má bioinformatika před sebou. (Science 292, 2095, 2001)

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Genetika
RUBRIKA: Aktuality

O autorovi

Pavel Hulva

Doc. RNDr. Pavel Hulva, Ph.D., (*1975) vystudoval molekulární biologii (Mgr.) a zoologii (Ph.D.) na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Na katedře zoologie PřF UK a katedře biologie a ekologie PřF Ostravské univerzity se zabývá zejména evoluční genetikou, biogeografií a ochranou savců.
Hulva Pavel

Doporučujeme

Člověk proti sopce: boj o osud města Vestmannaeyjabær

Člověk proti sopce: boj o osud města Vestmannaeyjabær

Petr Brož  |  17. 6. 2019
Před 46 lety se pod nohama nic netušících obyvatel malého islandského ostrova Heimaey otevřelo peklo. Islanďané rozpoutali jednu z největších...
Jak vosy dobývají svět

Jak vosy dobývají svět uzamčeno

Pavel Pipek  |  3. 6. 2019
Vosy jsou pro lidi jedním z nejnenáviděnějších organismů. Zatímco v původním areálu výskytu je jejich špatná pověst nezasloužená, protože v něm...
Hledá se blesk

Hledá se blesk uzamčeno

V chápání elektrických jevů jsme za uplynulých 250 let udělali obrovský pokrok. Úplnému porozumění ale stále vzdoruje záhadné chování obyčejných...

Předplatným pomůžete zajistit budoucnost Vesmíru

Tištěná i elektronická
verze časopisu
Digitální archiv
od roku 1994
Speciální nabídka
pro školy a studenty

 

Objednat předplatné