i

Aktuální číslo:

2024/6

Téma měsíce:

Éčka

Obálka čísla

Počítačové modelování nanostruktur DNA a RNA

 |  5. 10. 2020
 |  Vesmír 99, 546, 2020/10

Molekuly DNA a RNA jsou známé jako základní molekuly života, jejich syntetizovaná vlákna však lze využít i k tvorbě nanostruktur. Nanotechnologie DNA a RNA, která se začala rozvíjet před čtyřiceti lety, má využití například v aplikaci léčiv (nanoroboti DNA, kteří dokážou doručit svůj náklad do buněk), v diagnostice (detekce virů) nebo v konstrukci nanoobvodů. Nejčastěji používané nanostruktury DNA se skládají z jednoho vlákna dlouhého 6400 bází a z několika desítek uměle vyrobených kratších vláken, která jsou komplementární k jednotlivým segmentům na dlouhém vlákně. Pečlivým výběrem vláken lze vytvořit řadu různých tvarů.

Počítačové modelování je součástí chemie už dlouho, nanotechnologie DNA však pro simulace představuje mimořádně těžkou úlohu. Jeden z problémů je velikost: 12 800 bází na jednu nanostrukturu. Tradiční metody, které simulují jednotlivé atomy, si obvykle dokážou poradit s pár desítkami bází. Posledních deset let s kolegy vyvíjíme zjednodušený model pro simulace DNA a RNA, který místo jednotlivých atomů simuluje celou skupinu atomů najednou. Toto zjednodušení umožňuje simulovat systémy o velikosti až dvou milionů nukleových bází. Model lze použít k testování návrhů nanostruktur a zjistit, zda vypadají a chovají se tak, jak jejich autor zamýšlel. Během pár dnů simulace je možné zjistit to, co by v laboratoři trvalo několik týdnů, vyžadovalo nákup vláken DNA a použití drahých přístrojů, jako je mikroskop atomárních sil.

Nedávno jsme vyvinuli nový program pro design nanostruktur a automatické vyhodnocení simulací. Pro využití nevyžaduje předchozí znalosti výpočetních metod a zahrnuje interaktivní vizualizaci a analýzu přímo ve webovém prohlížeči, včetně podpory virtuální reality a 3D tisku. Software tak umožní experimentátorům, kteří chtějí vytvořit nové nanostruktury DNA, výpočetně ověřit jejich chování a interaktivně upřesnit jejich design, dokud simulace nepotvrdí zamýšlený tvar nebo funkci. Program je volně dostupný a je popsán v nedávno publikovaném článku v Nucleic Acids Research.
 

Ve spolupráci s Czexpats in Science

Poppleton E. et al.: Nucleic Acids Res., 2020, DOI: 10.1093/nar/gkaa417

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Nanotechnologie, Molekulární biologie
RUBRIKA: Mozaika

O autorovi

Petr Šulc

 

Šulc Petr

Doporučujeme

Genová terapie ALS: jsme na začátku naděje

Genová terapie ALS: jsme na začátku naděje

Je to krutá a zatím nevyléčitelná nemoc. Amyotrofická laterální skleróza. Americká léková agentura FDA však nedávno schválila pro medicínskou...
(Ne)umělá sladidla

(Ne)umělá sladidla uzamčeno

Adam Obr  |  3. 6. 2024
Když loni v létě zařadilo WHO aspartam na seznam látek, které mají potenciál způsobovat rakovinu, dosáhla diskuse o škodlivosti nekalorických...
Příběhy řasových éček

Příběhy řasových éček

Richard Lhotský  |  3. 6. 2024
Přídatné látky v potravinách, familiárně přezdívané pro svůj kód éčka, vzbuzují u řady lidí obavy a strach. Přesto se mezi nimi najdou i látky...