Aktuální číslo:

2018/10

Téma měsíce:

Navigace

Vytvořen funkční promotorový atlas

 |  11. 9. 2014
 |  Vesmír 93, 528, 2014/9

Mezinárodní vědecké konsorcium představilo první podrobnou databázi genové exprese savčích buněk na úrovni regulačních elementů. To výzkumníkům otevřelo cestu k poodhalení složitých interakčních sítí mezi geny a regulačními elementy, což jsou oblasti v DNA ovlivňující transkripční aktivitu genů. Dostupnost těchto informací výzkumníkům umožní (in silico) porovnání úrovně exprese z hlediska regulačních elementů zapojených do nejrůznějších vývojových nebo patologických procesů. Lví podíl na této práci má tým bioinformatiků z Harvard School of Public Health. Snaha potřebná k vytvoření této databáze je výsledkem několikaletého úsilí řady vědců z více než 20 zemí a zmíněná databáze vznikla jako součást projektu FANTOM 5 (Functional Annotation of the Mammalian Genome), který byl řízen z japonské instituce RIKEN a byl zaměřen na vybudování kompletní lidské cDNA knihovny. Za tímto účelem vědci studovali buňky různého původu pomocí pokročilé technologie s názvem CAGE (Cap Analysis of Gene Expression), vyvinuté právě na japonském pracovišti. Tato metoda je založená na studiu buněčného transkriptomu podle standardů s tzv. full-length cDNA, což je DNA vzniklá přepisem za pomoci reverzní transkriptázy z různě sestříhaných mRNA transkriptů pro konkrétní gen a následným poskládáním těchto částí. Tyto předlohy obsahují kromě intronů i transkripční iniciační místa (TSSs). Díky tomu je za pomoci sekvenčních systémů nové generace (Illumina, SOLiD, Helicos) možné určit, které promotory nebo další regulační elementy se podílejí na expresi genů v konkrétní tkáni. Výzkumníci zatím zmapovali transkripční aktivitu přibližně 180 000 promotorů a více než 44 000 enhancerů neboli zesilovačů v řadě lidských i myších buněčných typů a tkání. Ve většině případů zjistili, že aktivita určitého promotoru je spojena přímo s konkrétním buněčným typem či patologickým stavem. Díky tomu najde tato databáze v budoucnu doopravdy široké biomedicínské uplatnění. (doi:10.1038/ nature13182, doi: 10.1186/gb-2009-10-4-r40)

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Molekulární biologie
RUBRIKA: Aktuality

O autorovi

Jindřich Sedláček

Mgr. Jindřich Sedláček (*1985) vystudoval Přírodovědeckou fakultu UP v Olomouci. Na katedře buněčné biologie a genetiky této fakulty se podílí na projektu OP VK CZ.1.07/2.3.00/20.0062, který je spolufi nancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky.

Doporučujeme

Vlaštovka extrémista

Vlaštovka extrémista

Jaroslav Cepák, Petr Klvaňa  |  10. 10. 2018
Díky satelitní telemetrii se podařilo odhalit vpravdě neuvěřitelné výkony některých ptačích druhů. Nejznámějším je zřejmě osmidenní nonstop let...
Velké umění astronavigace: Od astrolábu po sextant

Velké umění astronavigace: Od astrolábu po sextant

Petr Scheirich  |  1. 10. 2018
Staří mořeplavci prý určovali polohu své lodi podle hvězd. Tato rozšířená romantická představa je ale nesprávná. Metoda astronavigace nikdy nebyla...
Jak se neztratit na moři

Jak se neztratit na moři

Petr Scheirich  |  1. 10. 2018
Dle znamenitého pozorování Slunce a Měsíce shledávám naši zeměpisnou délku 178° 18' 30" západně od Greenwiche. Zeměpisná délka dle logu je 175°...

Předplatným pomůžete zajistit budoucnost Vesmíru

Tištěná i elektronická
verze časopisu
Digitální archiv
od roku 1994
Speciální nabídka
pro školy a studenty

 

Objednat předplatné