Aktuální číslo:

2017/12

Téma měsíce:

Kontakty

19,6 %

 |  6. 10. 2016
 |  Vesmír 95, 551, 2016/10

Už před dvanácti lety vyšel v časopise BM C Bioinformatics článek varující, že se v odborné literatuře objevují chyby v pojmenování genů, které následně ztěžují vyhledávání informací a způsobují zmatky (DOI: 10.1186/1471-2105-5-80). Na vině bylo automatické formátování v programu Microsoft Excel. Nový výzkum ukázal, že problém nezmizel. Naopak.

Analýza 3597 článků, k nimž autoři v doplňkových informacích poskytli seznamy genů zpracované v Excelu, odhalila, že chybná jména obsahuje téměř 20 % z nich. Jména některých genů Excel automaticky mění na datum nebo nesmyslnou numerickou hodnotu. Například gen Septin-2, běžně zkracovaný na SEPT2, program přepíše na 2-SEP a s příslušnou buňkou pracuje jako s datem 2. září. Další chyby vznikají při zápisu údajů z japonské (RIKEN) databáze cDNA klonů. Excel některé kódy změní na čísla s plovoucí řádovou čárkou, takže např. z 2310009E13 se stane 2.31E+13. Ani zpětné formátování buňky na text už původní název neobnoví.

Řešením je buď ručně předem nastavit formát buněk na text, nebo používat jiný program (ale např. tabulkový procesor, který je součástí Open Office, má stejný problém).

Ziemann M. et al., Genome Biology, DOI: 10.1186/s13059-016-1044-7

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Věda a společnost
RUBRIKA: Zákulisí

O autorovi

Ondřej Vrtiška

Mgr. Ondřej Vrtiška (*1976) je původním vzděláním biolog se specializací na hydrobiologii (PřF UK), utekl z oborů žurnalistika a kulturní antropologie (obojí FSV UK). Od r. 2001 pracuje jako vědecký novinář, na téma „věda v médiích“ přednáší pro vědce i pro laickou veřejnost. Z úžasu nevycházející pozorovatel memetické vichřice. Občas napíná plachty, občas staví větrolam.
Vrtiška Ondřej

Doporučujeme

Jak si delfíni ucpávají uši

Jak si delfíni ucpávají uši audio

Jaroslav Petr  |  17. 12. 2017
Hluk v mořích a oceánech produkovaný člověkem ohrožuje kytovce. Může je dočasně ohlušit nebo jim trvale poškodit sluch. Nově objevený fenomén by...
Tajemná sůva šumavská

Tajemná sůva šumavská

Jan Andreska  |  17. 12. 2017
Byl vyhuben a vrátil se. Na Šumavu lidskou snahou a do Beskyd vlastním přičiněním. Puštík bělavý teď žije opět s námi, ale ohrožení trvá.
Hmyz jako dokonalý létací stroj

Hmyz jako dokonalý létací stroj

Rudolf Dvořák  |  4. 12. 2017
Hmyz patří k nejdokonalejším a nejstarším letcům naší planety. Jeho letové schopnosti se vyvíjely přes 300 milionů let a předčí dovednosti všech...

Předplatným pomůžete zajistit budoucnost Vesmíru

Tištěná i elektronická
verze časopisu
Digitální archiv
od roku 1994
Speciální nabídka
pro školy a studenty

 

Objednat předplatné