Aktuální číslo:

2024/6

Téma měsíce:

Éčka

Obálka čísla

19,6 %

 |  6. 10. 2016
 |  Vesmír 95, 551, 2016/10

Už před dvanácti lety vyšel v časopise BM C Bioinformatics článek varující, že se v odborné literatuře objevují chyby v pojmenování genů, které následně ztěžují vyhledávání informací a způsobují zmatky (DOI: 10.1186/1471-2105-5-80). Na vině bylo automatické formátování v programu Microsoft Excel. Nový výzkum ukázal, že problém nezmizel. Naopak.

Analýza 3597 článků, k nimž autoři v doplňkových informacích poskytli seznamy genů zpracované v Excelu, odhalila, že chybná jména obsahuje téměř 20 % z nich. Jména některých genů Excel automaticky mění na datum nebo nesmyslnou numerickou hodnotu. Například gen Septin-2, běžně zkracovaný na SEPT2, program přepíše na 2-SEP a s příslušnou buňkou pracuje jako s datem 2. září. Další chyby vznikají při zápisu údajů z japonské (RIKEN) databáze cDNA klonů. Excel některé kódy změní na čísla s plovoucí řádovou čárkou, takže např. z 2310009E13 se stane 2.31E+13. Ani zpětné formátování buňky na text už původní název neobnoví.

Řešením je buď ručně předem nastavit formát buněk na text, nebo používat jiný program (ale např. tabulkový procesor, který je součástí Open Office, má stejný problém).

Ziemann M. et al., Genome Biology, DOI: 10.1186/s13059-016-1044-7

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Věda a společnost
RUBRIKA: Zákulisí

O autorovi

Ondřej Vrtiška

Mgr. Ondřej Vrtiška (*1976) je původním vzděláním biolog se specializací na hydrobiologii (PřF UK), utekl z oborů žurnalistika a kulturní antropologie (obojí FSV UK). Od r. 2001 pracuje jako vědecký novinář, na téma „věda v médiích“ přednáší pro vědce i pro laickou veřejnost. Z úžasu nevycházející pozorovatel memetické vichřice. Občas napíná plachty, občas staví větrolam.
Vrtiška Ondřej

Doporučujeme

Genová terapie ALS: jsme na začátku naděje

Genová terapie ALS: jsme na začátku naděje

Je to krutá a zatím nevyléčitelná nemoc. Amyotrofická laterální skleróza. Americká léková agentura FDA však nedávno schválila pro medicínskou...
(Ne)umělá sladidla

(Ne)umělá sladidla uzamčeno

Adam Obr  |  3. 6. 2024
Když loni v létě zařadilo WHO aspartam na seznam látek, které mají potenciál způsobovat rakovinu, dosáhla diskuse o škodlivosti nekalorických...
Příběhy řasových éček

Příběhy řasových éček

Richard Lhotský  |  3. 6. 2024
Přídatné látky v potravinách, familiárně přezdívané pro svůj kód éčka, vzbuzují u řady lidí obavy a strach. Přesto se mezi nimi najdou i látky...