Aktuální číslo:

2018/7

Téma měsíce:

Co kdyby…

19,6 %

 |  6. 10. 2016
 |  Vesmír 95, 551, 2016/10

Už před dvanácti lety vyšel v časopise BM C Bioinformatics článek varující, že se v odborné literatuře objevují chyby v pojmenování genů, které následně ztěžují vyhledávání informací a způsobují zmatky (DOI: 10.1186/1471-2105-5-80). Na vině bylo automatické formátování v programu Microsoft Excel. Nový výzkum ukázal, že problém nezmizel. Naopak.

Analýza 3597 článků, k nimž autoři v doplňkových informacích poskytli seznamy genů zpracované v Excelu, odhalila, že chybná jména obsahuje téměř 20 % z nich. Jména některých genů Excel automaticky mění na datum nebo nesmyslnou numerickou hodnotu. Například gen Septin-2, běžně zkracovaný na SEPT2, program přepíše na 2-SEP a s příslušnou buňkou pracuje jako s datem 2. září. Další chyby vznikají při zápisu údajů z japonské (RIKEN) databáze cDNA klonů. Excel některé kódy změní na čísla s plovoucí řádovou čárkou, takže např. z 2310009E13 se stane 2.31E+13. Ani zpětné formátování buňky na text už původní název neobnoví.

Řešením je buď ručně předem nastavit formát buněk na text, nebo používat jiný program (ale např. tabulkový procesor, který je součástí Open Office, má stejný problém).

Ziemann M. et al., Genome Biology, DOI: 10.1186/s13059-016-1044-7

Ke stažení

OBORY A KLÍČOVÁ SLOVA: Věda a společnost
RUBRIKA: Zákulisí

O autorovi

Ondřej Vrtiška

Mgr. Ondřej Vrtiška (*1976) je původním vzděláním biolog se specializací na hydrobiologii (PřF UK), utekl z oborů žurnalistika a kulturní antropologie (obojí FSV UK). Od r. 2001 pracuje jako vědecký novinář, na téma „věda v médiích“ přednáší pro vědce i pro laickou veřejnost. Z úžasu nevycházející pozorovatel memetické vichřice. Občas napíná plachty, občas staví větrolam.
Vrtiška Ondřej

Doporučujeme

Peníze z chemie, peníze pro chemii

Peníze z chemie, peníze pro chemii

Ondřej Vrtiška  |  16. 7. 2018
Manželé Hana a Dalimil Dvořákovi se seznámili v laboratoři. A nebylo to naposledy, co zaujetí pro organickou chemii ovlivnilo jejich životy i mimo...
Co když se probudí sopky pod antarktickým ledem?

Co když se probudí sopky pod antarktickým ledem?

John Smellie  |  16. 7. 2018
Antarktida je rozlehlá pustina pokrytá největším ledovým příkrovem světa, který obsahuje asi 90 % globálních zásob sladké vody. Funguje jako obří...
Ztracený potápník

Ztracený potápník uzamčeno

Josef Lhotský  |  16. 7. 2018
„Konference jsou od toho, abys tam navazoval styky a chlastal,“ řekl mi kdysi… — Povídka proplétající osudy tří velkých postav biologie.

Předplatným pomůžete zajistit budoucnost Vesmíru

Tištěná i elektronická
verze časopisu
Digitální archiv
od roku 1994
Speciální nabídka
pro školy a studenty

 

Objednat předplatné