Sedm druhů místo tří: afričtí krokodýlové jsou polyfyletičtí

Molekulární studie se nevyhnuly ani krokodýlům. V centru zájmu byli v posledních letech zejména afričtí krokodýlové, např. saharští pouštní krokodýlové (dosud vedeni jako poddruh krokodýla nilského, Crocodylus niloticus suchus), o kterých se už delší dobu uvažuje jako o samostatném druhu. Analýzy mtDNA i nDNA odhalily polyfyletický původ nilských krokodýlů, ale poněkud jiného rázu, než se očekávalo. Rozlišeny byly dvě linie: krokodýl nilský (C. niloticus) jako obyvatel Nilu, východní Afriky a kontinentu jižně od rovníku, a menší krokodýl západoafrický (C. suchus), k němuž náleží nejen pouštní krokodýlové z Mauretánie nebo Čadu, ale i populace obývající vody v oblasti severně od Guinejského zálivu od Senegalu po Kamerun. Zdá se, že v současnosti se areály obou druhů nepřekrývají, v minulosti tomu však bylo jinak. Analýza aDNA z mumifikovaných či preparovaných zvířat z muzejních sbírek například odhalila, že staroegyptští kněží v Thébách k mumifikaci vybírali přednostně menšího krokodýla západoafrického, nebo že několik jedinců ze senegalských muzeí naopak náleží ke klasickému krokodýlu nilskému. Oba krokodýlové tak zřejmě společně obývali údolí Nilu (např. vzorky ze Súdánu ukazují, že zde krokodýl západoafrický žil minimálně ještě ve dvacátých letech 20. století) a během fáze tzv. zelené Sahary (klimatické optimum časného a středního holocénu) se šířili směrem na západ kontinentu, přičemž prostor tehdejší Sahary s trvalými i vysychajícími vodami byl patrně lépe prostupný pro menšího krokodýla západoafrického.

Sledovány byly i sekvence dalších afrických krokodýlů, u obou zbylých původních druhů byl rovněž zjištěn polyfyletický původ. Krokodýl štítnatý (Mecistops cataphractus) se rozděluje na dva druhy, západoafrický a středoafrický, kdežto u krokodýla čelnatého (Osteolaemus tetraspis) byly zjištěny rovnou tři linie. Na pojmenování nově vyčleněných druhů se teprve čeká, už teď ale víme, že oba západoafrické druhy se rázem ocitly mezi nejohroženějšími druhy krokodýlů na světě.

V souvislosti s africkými druhy jsou zajímavé i jejich vztahy s ostatními krokodýly. Konkrétně krokodýl nilský se jeví jako sesterský druh k americkým krokodýlům (k. americký, orinocký, Moreletův a kubánský). Tento vztah můžeme vysvětlit tím, že někteří jedinci nilských krokodýlů přeplavali Atlantik a položili základ amerických populací; transatlantická disperze je ostatně známa i u horších plavců, než jsou krokodýlové (např. u gekonů či papoušků). Vzhledem k paleontologickým nálezům se zdá, že k této migraci došlo relativně nedávno, někdy v období končícího miocénu a počínajícího pliocénu. Dokážeme si tak představit, že prostředí tzv. messinské salinní krize v závěru miocénu rozpohybovalo nejen migraci slonů a hrochů na středomořské ostrovy, ale i disperzi dalších živočichů. (Hekkala E. et al., Molecular Ecology 20, 4199–4215, 2011/20; Oaks J. R., Evolution 65, 3285–3297, 2011/11; Shirley M. H., et al., Proc. Royal Soc. B: Biological Sciences, 281, 1776, 2013)