Reakce na odezvu autorů Nového přehledu biologie

Hodnocení Přehleduv coby knihy koncepčně zastaralé (Vesmír 83, 411, 2004/7) prof. S. Rosypal odmítá, považuje je za neobjektivní a neopodstatněné. Argumentuje výčtem jednotlivých kapitol a tvrzením, že nemoderní nejsou. Připomínám, že v mé recenzi nešlo o jednotlivé kapitoly, ale o výběr, a zejména o proporci témat a vyznění knihy jako celku. Na podporu svého pohledu jsem v recenzi snesl dostatek dokladů a pro toho, kdo je chce chápat, jsou snad přesvědčivé.

Není pravda, že jsem nepochopil, jakému okruhu čtenářů je Přehled určen. Naopak si velmi dobře uvědomuji, že hlavní "cílovou skupinou" jsou středoškoláci - a o to právě jde: Nelíbí se mi, s jakými znalostmi budou středoškoláci vstupovat na univerzity. Jako čerstvý absolvent, který často pracuje s mladšími studenty, mám myslím dobré předpoklady k tomu, abych posoudil, jaké jsou potřeby biologických noviců. Rozhodně k nim nepatří znalost toho, že se plodenství latinsky řekne fructus congregatus nebo že bakterie Herpetosiphon je aerobní. Navíc S. Rosypal v předmluvě sám uvádí, že by kniha měla sloužit také vysokoškolákům. Poněkud popírá sám sebe, když mé výtky k nedostatečnosti některých kapitol odmítá s odůvodněním, že mnou požadovaná látka je předmětem vysokoškolského studia.

Opravdu se do Přehledu nedala zařadit pasáž např. tohoto znění? "Další významnou úrovní buněčných regulací je regulace stability proteinů. Jedním z výstupů signálních kaskád v buňce může být aktivace specifických enzymů, které katalyzují kovalentní spojení proteinů určených k odbourání s malým, vysoce konzervovaným proteinem ubikvitinem. Velký proteinový komplex nazývaný proteazom rozpoznává proteiny označené ubikvitinem a svou proteázovou aktivitou je specificky degraduje." Pouhé tři věty by stačily, aby čtenářům nezůstal utajen regulační mechanizmus, jehož význam je pravděpodobně srovnatelný s transkripční regulací.

A co třeba tohle? "Rozpoznání funkčních úseků (např. strukturních genů, vazebných míst pro transkripční faktory apod.) v genomové sekvenci je obtížné, což zvláště platí pro organizmy s velkými genomy, a tedy i pro člověka. Jednou z možností jak v záplavě pravděpodobně nesmyslné DNA nalézt gen je porovnat genomové sekvence dvou či více druhů. Funkční úseky jsou na rozdíl od nesmyslné DNA v evoluci konzervovány, takže nalezení oblastí DNA velmi podobných u dvou nebo více druhů naznačuje, že tato oblast je pravděpodobně genem. To je jedním z cílů srovnávací genomiky, jenž dává pochopit, proč se nemalé úsilí a nemalé finanční prostředky věnují sekvencování organizmů bez zjevného praktického využití (např. vačice)." Podobné texty lze běžně najít v novinách, protože lidi samozřejmě zajímá, z jakého důvodu se miliony dolarů utrácejí za genomové projekty a co z toho plyne pro běžného smrtelníka. Proč se tedy pro něco takového nenašlo místo v Přehledu?

Podle S. Rosypala šlo o to, aby systém organizmů v Přehledu byl v souladu s univerzálním fylogenetickým stromem (míněn strom 18S rRNA). V souladu je ve skutečnosti pouze základní rozdělení do tří domén (známé 27 let, tedy žádná převratná novinka). Další členění se ale od schématu založeného na výsledcích molekulární fylogenetiky výrazně liší, nebo je dokonce v přímém rozporu (viz nesrovnalosti mezi systematickým přehledem živočichů a kapitolou Fylogeneze živočichů, které jsem zmínil v recenzi).

K odpovědi J. Doškaře:

Zmínku, že pomocí PCR lze in vitro mnohonásobně zmnožit specifický úsek DNA, nepovažuji za vysvětlení principu této metody. Argument, že pro uvedení větších detailů by bylo nutno vysvětlit další pojmy, je nesmyslný, protože v kapitole Buňka (2.4.2.) je velmi detailně popsán mechanizmus replikace včetně pojmů DNA-polymeráza a primer (v kap. 3.3.2.3. je popsán dokonce zdroj nejčastěji používaného enzymu, bakterie Thermus aquaticus). Obdobně se dají vyvrátit námitky proti mému volání po zařazení základních informací o genetické analýze pomocí mutantů či pozičního klonování. Vždyť konstrukce genetických map je v Přehledu nastíněna (kap. 8.3.2.), čtenář se ale nedoví, k čemu jsou vlastně dobré.

Vzhledem k tomu, že na mnoho výhrad (jako jsou absence paleozoologické kapitoly a pojednání o raných fázích evoluce člověka, opomenutí významných biologů 20. století, žalostná úroveň ekologické kapitoly aj.) S. Rosypal a kolegové nereagují, soudím, že s nimi souhlasí a budou na ně brát ohled v případných dalších vydáních Přehledu.

K dalším reakcím S. Rosypala a kolegů:

Ad 6.: Tvrzení, že stostránková kapitola o morfologii živočichů s latinskou terminologií není vzhledem k celkovému rozsahu Přehledu předimenzovaná, neboť má význam pro adepty studia medicíny, lze stěží obhájit, vždyť na trhu je nepřeberné množství literatury, která se histologií i anatomií člověka zabývá systematicky, s latinským názvoslovím.

Ad 10.: S. Rosypal opravdu v Přehledu uvedl přehled kmenů eubakterií podle "nového" systému založeného na fylogenetice, avšak (bez vysvětlení) ve dvou vzájemně neslučitelných verzích (12 kmenů na s. 143 a 23 kmenů na s. 152). Navíc tabulka použitá pro srovnání "starého" a "nového" systému je poněkud nepřehledná a má jen omezenou informační hodnotu, není z ní možné zjistit, např. kam v "novém" systému patří mnoho z uvedených rodů bakterií.

Ad 11.: Je mi líto, znovu jsem pročetl kapitolu o biodiverzitě, ale zmínku o tom, po čem jsem v recenzi volal, tedy o existenci několika desítek samostatných evolučních linií eubakterií bez známých kultivovaných zástupců, jsem tam nenašel.

Ad 12.: Henderson's dictionary of biological terms nemám k dispozici, doporučuji ale nahlédnout do článku G. R. Reecka a jeho kolegů "Homology" in proteins and nucleic acids: a terminology muddle and a way out of it (Cell 50, 667, 1987), v němž se řeší totéž, co řešíme teď se S. Rosypalem, ale o 17 let dříve. Představte si, že se v lidském genomu i v genomu kukuřice najde mikrosatelit GTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTA. Jsou identický lidský a kukuřičný mikrosatelit homologické?

Ad 13.: Nevytýkám autorovi, že jsou archebakterie popsány do "velkých molekulárních a biochemických detailů", to bych dodal slovo "příliš". Jenom mi vadilo, že ke všem těm chemickým rovnicím nepřidal obrázek ani zmínku o tom, že se archebakteriím se všemi důsledky daří v našem zažívacím traktu. Jde o to, aby si nebohý student neodnesl na tyto fantastické organizmy jenom vzpomínku typu: "Ach jo, zase nějaká pitomá rovnice…"

Ad 14.: Absurdnost detailů popisu translace v Přehledu byla samozřejmě míněna relativně, tedy ve vztahu k naprosté absenci pojednání o jiných základních molekulárních procesech (jako jsou dělení buněk, buněčný cyklus, transpozice…) či k nedostatečnému zpracování dalších partií (viz výše o regulačních mechanizmech apod.).

Odpověď J. Smržovi (T. Kalinovi?):

Uváděný ekvivalent jména Chromista ("Straminipili") je v literatuře neznámý, neboť jde o zkomoleninu termínů Stramenopila či Straminipila. Taxon skrývající se pod názvem Stramenopila (=Straminipila) se však v žádném případě neshoduje s náplní skupiny Chromista.

Pokud jde o postavení chromist jako "říše", existující molekulární doklady naznačují, že mnohem lepším kandidátem na samostatnou "říši" jsou Chromalveolata, tj. Chromista a Alveolata. Alveolata (např. nálevníci či výtrusovci) jsou pravděpodobně sesterskou skupinou jedné z podskupin chromist, Heterokonta / Stramenopila (tj. Chromista jsou parafyletická). Chromalveolata jako celek jsou pak pravděpodobně výsledkem sekundární endosymbiózy s ruduchou, což je původně hypotéza samotného "duchovního otce" chromist T. Cavaliera-Smithe [viz např. T. Cavalier-Smith: Membrane heredity and early chloroplast evolution, Trends Plant Sci 5, 174-82, 2000]. Jak by se potom odůvodnilo, že Chromista jsou samostatná říše, ale Alveolata zůstala v říši Protozoa? Tato druhá říše ovšem stojí na stejně vratkých nohách, Protozoa jsou prostě konglomerát navzájem nepříbuzných eukaryot, do kterého spadlo všechno to, co si Cavalier-Smith "neusmyslel" považovat za samostatnou říši.

Ano, stále se diskutuje o otm, jestli mikrosporidie skutečně patří mezi houby, to ale nijak neospravedlňuje mylné tvrzení, že jejich příbuznost s hubami je podpořena analýzou 18S rRNA [viz např. Van de Peer a kol.: Microsporidia: accumulating molecular evidence that a group of amitochondriate and suspectedly primitive eukaryotes are just curious fungi, Gene 246, 1-8, 2000].